芹菜田的前茬最好选用豆科等与芹菜无共同病害的作物。发病初期用0.1%高锰酸钾液喷雾防治，或选1.5%植病灵乳剂1000倍液、20%病毒A可湿性粉剂500倍液、抗毒剂1号200-300倍液、40%植物病毒灵600倍液等任一种药剂喷施。选种抗病高产优质品种，做好种子消毒处理，培育无病虫害的壮苗，合理轮作倒茬、建立科学合理的耕作制度，加强田间管理、防止田间积水、控制田间湿度，根据病虫害发生种类和严重程度，有针对性地采取相应措施、选用对症的高效低毒低残留农药田间交替喷雾防治。
芹菜灰霉病表现为局部区域出现水渍化症状，随后变软、枯萎，感染部位出现灰霉，长期处于高湿环境中可能导致整株腐烂。芹菜根腐病主要危害根茎部分，受侵害后会出现红斑，逐渐变为黑褐色或暗褐色。芹菜黑腐病不仅危害根茎，还危害叶柄基部，受侵害的芹菜株变成灰褐色，逐渐扩散，叶子下垂、枯萎，严重时叶子会腐烂掉落。芹菜病毒病主要表现在叶片上，最初可能出现黄色斑点和褐色斑点，逐渐整株变黄，严重时芹菜整株卷曲、矮化、枯死。
防治措施包括选择抗性品种、种子消毒、育苗床消毒、培育壮苗、轮作、增施有机肥和生物菌肥、加强田间管理特别是设施栽培，控制好温湿度、化学防治、清洁田园、深翻晒垡。从苗期开始就应进行药剂防治，可用50%利得可湿性粉剂800倍液，或80%大生可湿性粉剂1000倍液；或50%的多菌灵可湿性粉剂600-800倍液；或75%百菌清可湿性粉剂600倍液；或绿亨二号800倍液喷雾；每隔7-10喷1次，连续2-3次。
芹菜的病虫害有斑枯病、菌核病、叶斑病、细菌性软腐病、病毒病、蚜虫等。主要病害有斑枯病、叶斑病、灰霉病、软腐病、白粉病等。
