加强水肥管理，控好室内湿度，发病前加强预防，发病后用治疗性药剂进行防治如多菌灵、甲基托布津、代森锰锌等。40%百菌清可湿性粉剂1125克/公顷，500克/升异菌脲悬浮剂450克/公顷，80%代森锰锌可湿性粉剂2250克/公顷，10%苯醚甲环唑水分散粒剂150克/公顷。以上药剂用量均为有效成分用量，采用喷雾法施药。菠菜在种植时要选排水性好、土层深厚的土质，播种前先用水浸泡种子，能更快更好。
发病初期，及时摘除病叶、病果及严重病枝，开始喷施杀菌农药，为防止产生抗药性提高防效，提倡轮换交替或复配使用。每7天喷1次，连喷2～3次。发病较重时，清除中心病株、病叶等，及时采用中西医结合的防治方法。施足腐熟的有机底肥，合理密植。棚室栽培时注意通风透光，降低湿度。露地栽培时，注意雨后及时排水。与非茄科作物实行2～3年轮作。早期及时摘除病叶、病果，带出田外集中销毁。番茄拉秧后及时清除田间残余植株、落花、落果，结合翻耕土地，搞好田间卫生。大棚内要注意保温和通风，每次洒水后一定要通风，以降低棚内空气湿度，尤其是早春定植时昼夜温差大，相对湿度高，易结露利于此病的发生和蔓延，故调整好棚内的水、火、气有机配合是防止早疫病的有效手段。
