清洁田园：收获后及时清除病残体，带出田外深埋或烧毁，深翻土壤，加速病残体的腐烂分解。加强田间栽培管理：高畦种植，合理密植，有利于通风透光，同时开好排水沟，降低田间湿度，增强植株生长势，合理施用氮肥，增施磷钾肥，提高抗病力。病区处理：当田间始现青枯萎蔫的菌核病病株时，要及时拔除，并将发病株周围植株匀稀；当发病中心多时要采用拔稀植株密度，改善病区通风透光条件，抑制病区扩展。化学防治：针对茼蒿菌核病大田普遍防治较为困难、即使喷药也很难到达作物根基部特点，防治中采用在发病中心大剂量区点防治，用药间隔期7-10天，连续喷雾2-3次。高效、低毒、低残留防治用药：可选用嘧霉胺、啶酰菌胺等喷雾。常规防治用药：可选用多氧霉素、乙烯菌核利、腐霉利、异菌脲等喷雾防治。发病中前期，防治20%硅唑咪鲜胺30毫升+恶霜菌酯25毫升，兑水15公斤水，5-7天用药1次，连用2-3次。实行3年轮作。从无病株上选留种子或播前用10%盐水选种，除去菌核后再用清水冲洗干净，晾干播种。适度密植，及时拔除杂草。设法降低棚内或田间湿度，发现病株及时拔除，携出田外集中烧。