口蹄疫在口腔黏膜、蹄部等部位发生水疱和溃疡,牛瘟则无蹄部病变,口腔中呈坏死性病变,病程中不出现水疱但有结节和溃疡,发展成边缘不整齐的烂斑。牛瘟能引起口腔黏膜溃烂或坏死,并发展成深部溃疡,但只侵害舌、齿龈和舌下,舌面无溃烂病变,整个病程不形成水疱。此外,牛瘟伴有高热稽留和强烈腹泻,死亡率高,而口蹄疫无此症状。口蹄疫除口腔和蹄部病变外,还可见到食道和瘤胃粘膜有水疱和烂斑;胃肠有出血性炎症;肺呈浆液性浸润;心包内有大量混浊而粘稠的液体。恶性口蹄疫可在心肌切面上见到灰白色或淡黄色条纹与正常心肌相伴而行,如同虎皮状斑纹,俗称“虎斑心”。