杏树疮痂病主要危害杏果、枝叶。受害果实的发病部位多在肩部，果实接近成熟时，病斑呈黑色或紫黑色，常发生裂果，形成疮痂。病斑侵染仅限于表层，随着果实生长，病果发生龟裂。枝梢被害呈现长圆形褐色病斑，以后病斑隆起，常产生流胶。翌年春季，病斑变灰并产生黑色小粒点。叶片发病在叶背出现不规则形或多角形灰绿色病斑，以后病部转褐色或紫红色，最后病斑干枯脱落，形成穿孔。
杏树疮痂病导致杏树的果实出现龟裂，影响产量和品质。病害初期，果面出现暗绿色斑点，随着果实膨大，病斑逐渐扩大，变为紫红色或暗褐色。果实近成熟时，病斑上出现红黑霉状斑点，严重时大面积病斑成片出现，形成龟裂。成熟时，病斑呈灰褐色，果皮出现不规则开裂或片状深灰褐色。
杏疮痂病叶片病斑逐渐变成紫红色，严重时引起早期落叶。枝梢发病初期，出现椭圆形淡褐色小斑点，病斑连成片后，致使植株上部枝梢枯死。严重发病的植株出现大面积落叶，引起第2次发芽，严重削弱树势。
病菌以菌丝体在病枝中越冬，来年春季借风雨传播。在雨水较多的春季和初夏发病严重，树冠郁闭、通风条件不好的果园尤为严重。叶片染病，初在叶背上产生淡褐色、水渍状小斑点，渐扩大为圆形或不规则形、紫褐色或黑褐色病斑。幼果发病快而重，染病果多在肩部产生淡褐色圆形斑点，直径2-3毫米，病斑后期变为紫褐色，表皮木栓化，严重时常多个小病斑连成一片，但深入果肉较浅。新梢上的病斑褐色，椭圆形，稍隆起，常发生流胶。