病菌主要以菌丝体、卵孢子及厚垣孢子随病残体在土壤中越冬,翌年条件适宜时,产生孢子囊和游动孢子,借风雨或水流传播,萌发后以芽管的方式直接侵入寄主表皮。发病后湿度大时,又在病部产生孢子囊,借风雨传播蔓延,进行重复侵染。病菌喜高温、高湿环境,发病最适气候条件为温度25~32℃,相对湿度90%以上。病菌主要以菌核随病残体遗落在土中越冬,借助灌溉水和雨水溅射传播,菌核萌发菌丝进行初侵染,田间病害蔓延主要通过菌丝的攀缘和接触传染。韭菜菌核病的病原以菌丝体和菌核随病残体遗落土中越冬,落入土中的菌核能存活1~3年,是此病主要初侵染源。菌核抗逆力很强,温度18~22℃,有光照及足够湿的条件下,菌核即萌发产生子囊盘,由子囊盘中放射出子囊孢子,借气流传播蔓延,或与健株接触后侵染发病。