小麦茎基腐病的防治方法主要包括选用抗病品种、合理轮作、土壤消毒杀菌、加强田间管理及早期病害监测和防控等。具体措施如下:一是选用抗耐病品种,二是每2-3年将重病田改为大豆-玉米轮作,切断菌源积累途径,三是秸秆还田的田块每3年播前深翻一次,四是适当推迟5-10天播种,控制播种深度为3-5厘米,五是适期浇水,六是合理施肥。推广深耕可减轻50%以上的发病率,合理施肥和浇越冬水等健身栽培是减少田间发病及危害的有效农业措施。种子包衣或药剂拌种是防治小麦茎基腐病的有效措施。药剂防治方面,在小麦返青期选用18.7%扬彩(丙环唑·嘧菌酯)悬浮剂1.05升/公顷或25%氰烯菌酯悬浮剂1.5升/公顷喷施。防治小麦茎基腐病应实行综合防治措施,重病地块实施轮作换茬,对发病地块进行土壤深耕,结合化学防治可明显减轻病害发生和危害。