土壤连作障碍的主要原因：1.土壤养分亏缺。长期作物连作导致土壤中某种养分数量极低，另一种养分数量极高，使各种养分失去平衡。2.土壤反应异常、性质恶化。长期种植某种作物导致土壤pH值向某一极端方向变化。3.来自植物的有害物质。某些作物通过地上部淋溶、根系分泌和残茬腐解释放物质，对同茬或下茬同种或同科作物产生抑制作用，即自毒作用。多年连作使自毒作用加剧，连作时间越长，障碍越严重。4.土壤微生物变化。连作形成特殊土壤环境，抑制固氮菌、根瘤菌、光合菌、放线菌、硝化细菌、氨化细菌、菌根真菌等有益微生物生长，导致有害微生物大量滋生，土壤微生物区系改变。保护地蔬菜和复种指数高，病虫害源积累，土传病害加重，出现“用药不治病”现象。