韭菜病虫害主要有韭蛆、灰霉病、疫病、蓟马等。韭菜属于百合科多年生宿根蔬菜，适应性强，抗寒耐热，中国各地普遍栽培。常见的病虫害包括韭蛆、灰霉病、蓟马、疫病、线虫等，以及生理性黄叶干尖，其中韭蛆、线虫等地下害虫较难防治。
防治韭蛆可采用药剂如吡虫啉、噻虫嗪、辛硫磷、苦参碱、阿维菌素等，施药方式以灌根为主。物理防治可采取杀虫灯诱杀成虫，利用糖醋液(糖、醋、水按3：3：14)诱杀成虫，也可利用冬灌或春灌来减少幼虫数量。
防治韭菜灰霉病可选用15％腐霉利，或吡唑醚菌酯+甲硫·异菌脲、嘧霉胺乙霉威进行防治，注意轮换用药；大棚种植时，需提高大棚温度，降低湿度等措施来控制病害。
防治韭菜疫病可选用吡唑醚菌酯+烯酰吗啉在韭菜收割后喷雾防治，能有限防止下茬疫病的发生。
