防治小麦赤霉病最佳时期必须掌握在小麦齐穗期及时喷药防治，注意在扬花前、下雨前喷药，间隔6-7天再喷一次。防治小麦赤霉病，首先要加强田间管理，防止田间积水，控制田间湿度。在初发病时及时用甲基托布津、瑞毒霉、吡唑醚菌酯、腐霉利、腈菌唑等农药田间交替喷雾防治。
小麦赤霉病农业防治：
1.品种选用：选育和利用抗病品种。
2.栽培管理：适时早播，合理灌溉。
3.施肥管理：注意氮、钾比例，有机与无机肥配合施用，适施拔节肥。
4.清除病原：每隔2-3年进行一次土地深松，减少土壤菌源量。
生物防治可选用多粘类芽孢杆菌KN-03、枯草芽孢杆菌等药剂喷雾防治。化学防治可选用肟菌·戊唑醇、甲基硫菌灵、低聚糖素等药物喷雾防治，注意轮换用药。
防治小麦赤霉病以预防为主，重点是在小麦扬花期前后预防穗腐发生。在小麦抽穗扬花期，如果遇到降雨、多雾、阴天或良好的湿度条件，利于赤霉病菌浸染传播。雨前要及时喷洒50%多菌灵可湿性粉剂800倍液，或60%多菌灵盐酸盐可湿性粉剂1000倍液，或70％甲基硫菌灵可湿性粉剂1000倍液，或25％甲霉灵可湿性粉剂1000倍液，或25％咪鲜胺1000倍液，或12.5％烯唑醇1500倍液喷雾。
消灭越冬菌源，清除田间稻麦桩、玉米秸杆等病残体，并结合防治黑穗病等进行播前种子消毒。选用抗(耐)病品种，加强栽培管理，因地制宜调整播期，配方施肥，增施磷钾，勿偏施氮肥。
