苹果锈病菌在桧柏上为害小枝，以茵丝体在菌瘿中越冬。第二年春天形成褐色的冬孢子角。冬孢子柄被有胶质，遇降雨或空气极潮湿时胺化膨大，冬孢子萌发产生大量担孢子，随风传播到苹果树上。锈菌侵染苹果树叶片、叶柄、果实及当年新梢等，形成性孢子器和性孢子、锈孢子器和锈孢子。锈孢子成熟后，随风传播到桧柏上，侵害桧柏枝条，以菌丝体在桧柏发病部位越冬。次年春形成冬孢子角，冬孢子萌发产生大量担孢子，随风传播至2.5~5公里的范围，落在苹果树的叶片、叶柄、果实及当年新梢上，形成病斑。在病部产生性孢子器和性孢子，锈孢子器和锈孢子。性孢子结合形成双核菌丝，再发育成锈孢子器。锈孢子成熟后，秋季再随风传到桧柏树上，形成菌丝体、菌瘿越冬，完成生活史。
苹果锈病可为害叶片和果实。叶片中脉有逐渐坏死现象，叶背中脉出现褐色痂状坏死，叶片卷曲皱缩。果实皮孔周围出现小块病斑，后逐渐扩大，病斑中部呈深褐色疤状稍凹陷，边缘暗紫色，大部分呈圆形，病斑只发生在浅层，不引起腐烂。发病初期仅在花瓣脱落60～90天后，于果实表面气孔处现出很小的水渍状、隆起的绿色泡斑，后病斑扩大变黑，个别病斑向果肉延伸1～2mm，严重的一个果上生有百余个病斑。
