百香果茎基腐病主要危害离地面5~10cm的茎基部，染病初期在茎基部出现褐色至深褐色病斑。随着病情发展，病部皮层逐渐产生裂痕、变软、腐烂，病部组织易与木质部分离。在环境湿度大时，病部出现粉白色或粉红色的孢子。当病斑横向发展形成环割伤时，地上部会随即表现出叶片枯黄脱落，果实畸形皱缩等症状，最后整株死亡。
被害植株茎基腐烂，病部初呈水渍状，后发褐，逐渐向上扩展，可达30—50cm，其上的茎叶多褪色枯死。潮湿情况下，病部长出白色霉状物，即病原菌的分生孢子和菌丝体。严重时，大量茎蔓死亡，病茎基干死后，有时产生橙红色的小粒，为病原菌的子囊壳。
百香果是浅根性植物，其茎蔓结构松软，根系浮生，茎基部、根部易受伤，从而导致吸收营养受阻，生长势转弱，引发病原菌侵染。
