向日葵菌核病的最佳防治方法包括：首先选择优良抗病品种，如龙葵杂1号、Ro_924等；其次进行调茬并在翻地时施入甲霜灵、百菌清或甲基托布津等可湿性粉剂。现蕾前喷洒1000倍的托布津溶液1~2次；现蕾及盛花期喷洒1000倍的纹枯利溶液，重点喷洒植株下部及花盘背面；苗期或开花期喷洒速克灵500溶液，每5~10天一次，预防效果显著。当温度达到18~20℃时，地表撒药效果最佳，可将70%五氯硝基苯混合少量湿土撒于土表，抑制菌核萌发，预防效果达80%。此外，与禾本科作物实行5-6年轮作，将地面菌核翻入深土中使其不能萌发，清除田间病残体，发现病株拔除并烧毁，适当晚插，增施磷钾肥。