低温保鲜法：低温可以保持蘑菇的新鲜和优良品质。蘑菇采收后，其湿度为90%～95%，此时将蘑菇贮存在0～3℃温度条件下即可达到保鲜的目的。在保鲜期间，应保持温度和湿度相对稳定，不宜多变或骤变。
速冻保鲜法：在100℃的沸水中添加0.3%柠檬酸，而后每100千克沸水1次投入15千克鲜菇，烫煮90～150秒，并随时搅动使菇体受热均匀，待菇体表面呈淡黄色，具有弹性和光泽熟而不烂时捞出。烫煮后的鲜菇及时用10～20℃的冷水冲淋，再移入3～5℃的流动冷水池中继续降温，降温后送至冷藏库贮存。冷藏库的温度保持在-18℃以下，可长时间保持双孢蘑菇原有的品质和风味。
气调保鲜法：在室温条件下，采用有透气性的塑料袋包装，袋内氧气控制在1%左右，二氧化碳控制在10～15%，可使双孢蘑菇保持1周色泽新鲜，品质上佳。此法只适用于少量临时贮藏，不可大量藏贮，以防霉变造成损失。
