苗期至穗期都可发病。叶鞘染病在近水面处产生暗绿色水浸状边缘模糊小斑,后渐扩大呈椭圆形或云纹形,中部呈灰绿或灰褐色,湿度低时中部呈淡黄或灰白色,中部组织破坏呈半透明状,边缘暗褐。湿度大时,病部长出白色网状菌丝,后汇聚成白色菌丝团,形成菌核,菌核深褐色,易脱落。高温条件下病斑上产生一层白色粉霉层即病菌的担子和担孢子。发病严重时数个病斑融合形成大病斑,呈不规则状云纹斑,常致叶片发黄枯死。叶片染病病斑也呈云纹状,边缘褪黄,发病快时病斑呈污绿色,叶片很快腐烂,茎秆受害症状似叶片,后期呈黄褐色,易折。穗颈部受害初为污绿色,后变灰褐,常不能抽穗,抽穗的秕谷较多,千粒重下降。纹枯病对水稻叶鞘、叶片、穗部和茎部都会产生不同程度的为害。起初发生阶段主要在植株与水面靠近的叶片和叶鞘部位。水稻初期感染过程中,病部大多数都呈现暗绿色水浸状模糊斑点,病斑进一步扩散后,逐步形成云纹状。病斑中间位置会出现灰绿色或是灰褐色,对水稻组织被破坏后,边缘呈现暗褐色。在病害发生较为严重时,多个较小的病斑交集之后会产生较大的病斑,导致叶片开始发黄然后逐渐枯死。茎秆位置受害情况与叶片较为相似。当穗部受侵害后,起初会呈现出暗绿色,随着侵害时间的延长,会呈现灰褐色,水稻不能正常抽穗。在高温、高湿的生长环境中,纹枯病发病部位会出现菌核,菌核颜色较深,容易脱落。