大豆与禾本科作物轮作倒茬,可显著减少田间菌核的积累。发病严重的地块,应与河谷类作物轮作三年以上,避免重茬、迎茬,不能与聚合并的寄主植物如菜豆、马铃薯、油菜、向日葵等轮作,可减轻该病的发生。防治大豆菌核病的最基本的措施是合理轮作。