南瓜一般采用种子播种繁殖，极少用嫁接方法。南瓜是雌雄同株植物，开花后经过昆虫传粉或人工授粉，在雌蕊子房的胚珠内发生受精作用后形成果实和种子。此外，南瓜还可以通过压瓜蔓繁殖。在植株茎蔓长到50厘米时用10cm长的小竹片压住瓜蔓插入土中或用土块压住，压蔓时应注意雌花前后不可压得太近太深，压蔓最好在下午进行，此时瓜蔓柔软不易折断。
南瓜花腐病又称果腐病，露地、保护地均常发生，保护地尤为严重，近年为害呈上升的态势，减产30%左右。为害南瓜、甜瓜、西瓜时称花腐或果腐，为害瓠瓜、西葫芦时称褐腐病，俗称烂蛋。花腐病为害南瓜的花和幼果，病果呈水渍状湿腐，病花变褐腐败。病菌从雌花蒂部侵人幼瓜，向瓜上扩展，致病瓜外部逐渐变褐，病部表面现白色茸毛状物，有时可见灰褐色或黑色大头针状物，别于灰霉病。雨后或高湿条件下，该病扩展很快，引起一批批雄花、雌花及幼瓜烂腐，干燥时半个或全瓜变褐，减产严重。
南瓜花叶病毒病主要侵染叶片、茎蔓，果实也可受害。叶片发病，表现深绿浅绿相间的斑驳花叶。
