小麦茎基腐病主要危害小麦茎基部的1、2节叶鞘及茎秆，严重时第3节叶鞘也会受害。受侵染的叶鞘和节间逐渐变为暗褐色，易折断，导致弱株或死苗，湿度大时会出现红色。病害通常从第一叶鞘开始，逐渐向上发展，严重时田块会陆续出现死苗。此外，病原菌还能侵染小麦叶片，形成褐色病斑，有的病斑呈轮纹状，与小麦纹枯病的云纹斑症状相似，后期会导致叶片发黄干枯。
小麦茎基腐病呈现逐年加重趋势，从零星病株扩展为成片甚至连片发病。病原菌多从衰败的芽鞘侵入地下茎内，向上扩展至分蘖节，最终影响小麦主茎和分蘖茎。随着病情发展，病斑逐渐扩大至整个节间，阻断叶片和根部的营养交换，导致小麦叶片发黄，后期植株折倒、枯死。
