若羊有结膜炎，可用金霉素眼膏或土霉霉素软膏点眼治疗。肌肉注射青霉素和链霉素或头孢塞呋钠，每日2次，连用3日；或肌注氯霉素，每千克体重20～40毫克，每日1次，连用1周。也可将四环素族抗生素混于饲料中喂给，连用1～2周。加强饲养卫生管理，消除各种诱发因素，防止寄生虫侵袭，增强羊群体质。流行本病的地区，用羊流产衣原体灭活苗对母羊和种公羊进行免疫接种，可有效控制羊衣原体病的流行。发生本病时，流产母羊及其所产弱羔应及时隔离，流产胎盘、产出的死羔应予销毁。污染的羊舍、场地等环境用2％氢氧化钠溶液、2％来苏儿溶液等进行彻底消毒。根据实际情况，及时调整用药。