对猝倒病要在搞好种子消毒（用40％拌种双可湿性粉剂按种子量0.5％，或95％敌克松可湿性粉剂按种子量0.5％拌种，随拌随播）的同时，及早进行药剂防治。芹菜猝倒病发病初期每亩用50％的多菌灵可湿性粉剂600倍液，或70％的代森锰锌可湿性粉剂600～800倍液，或杀毒矾600倍液，或扑海因2000倍液50～60千克交替喷雾，每7～10天1次，连喷2～3次。
农业防治包括苗床选择、种子处理和加强苗床管理。苗床应选择在地势高燥、背风向阳、不易积水、土质疏松而肥沃的无病地块，最忌低洼潮湿地块，以未种过芹菜的大田地块为佳。苗床内施用的土杂肥要充分腐熟，以防病菌带入。
种子处理方面，播种催芽前可用50～55℃的温水浸泡种子，浸泡时不停搅拌，待水温降至30℃时再进行浸种处理，可杀死种子上的病菌。另一种方法是先用45～50℃的温水浸泡种子10～15分钟，再用20～30℃温水浸种4～6小时，最后用清水淘洗并晾干播种。
苗床管理的关键是控制温度和湿度。播种前浇水应防止大水漫灌，以湿透10厘米土层为宜。播种后及时覆盖塑料薄膜，夜间加盖草苫，气温过低时可加厚草苫或覆盖一层塑料薄膜以保温和防雨，使气温保持在15℃到20℃。苗床内应尽量控制浇水，干旱时可在晴天的中午少量浇水，并注意通风排湿。茁期要及时间苗，增强通风透光。苗床内可经常撒施干燥的草木灰，降低湿度、吸热提温，并抑制病原菌。
