冬瓜病虫害主要有蚜虫、蝽象、白粉虱、螨类、红蜘蛛和瓜食蝇等。一般的种瓜用地，都采用非瓜类作物进行种植，可以采取深翻土壤种植，将虫害深埋于土中，让其不能繁殖生长，或者施加石灰、有机肥和磷钾肥等措施。同时，还可以在大棚里保持有通风口，最好在大棚的下方开个窗口，避免虫菌顺风飘入大棚里。药剂防治方面，白粉虱可采用5%阿维·吡虫啉喷施进行防治，红蜘蛛可采用5%阿维菌素喷施进行防治，蚜虫可采用5%啶虫脒喷施进行防治，螨类可采用10%阿维·哒螨灵进行防治，瓜食蝇可采用31%阿维·灭蝇胺加白糖进行喷施防治。
冬瓜病害有枯萎病、疫病、炭疽病和病毒病等。在管理过程中，特别要注意天气的变化，在阴雨或低湿的天气里要做好管理工作，此时发病率较高，尽量的避免在这时间去灌溉。如果冬瓜患上了疫病，可选用65%代森锌可湿性粉剂500-600倍液、吡唑醚菌酯25%、12.5%井冈·蜡芽菌等喷施防治。将种子进行消毒处理，将越冬前将土壤深翻晒白，实行轮作，定期喷洒药剂防治，发病时用琥胶肥酸铜可湿性粉剂灌根治疗。冬瓜病毒病在蚜虫大发生时较重，一般地块发病率为40%～50%，严重地块发病率可达90%以上，减产超过7成，给生产造成了严重损失。
