大棚内地面向南流水不顺时，可将垄高增至30厘米，以防垄沟内水面漫过垄顶；若地面向南流水顺畅，则可将垄高降至20厘米，以防沟内水洇不到垄顶，造成垄面过于干旱，影响蔬菜生长。番茄开花坐果期的病虫害主要有早疫病、灰霉病、蚜虫、白粉虱等，防治时要坚持预防为主、综合防治的原则。在农业防治基础上，针对不同病虫害选择合适的化学药剂进行防治，如早疫病可用70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液喷雾防治；灰霉病可用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液喷雾防治；蚜虫、白粉虱可用吡虫啉1500倍液喷雾防治。化学防治时要注意用药量和浓度，避免药害和残留，同时轮换使用不同药剂以延缓抗药性。
大棚种植西红柿需选择优良抗病高产品种，并注意水肥管理、植株调整和病虫害防治。种植前应使用疏松肥沃的土壤，并用土菌虫溶液消毒；种子需提前用水浸泡，再用硫酸链霉素消毒处理。幼苗长出5片叶子时移栽到种植地，移栽前要剪掉多余侧枝并摘掉藤蔓顶端嫩芽。西红柿常见病虫害有叶霉病、病毒病、白粉虱、虱蚜虫等，需做好防虫工作。
番茄盛果期应选晴天上午浇水，浇水后要通风排湿，避免在下午、傍晚或阴雨天浇水，以防棚内湿度过大引发灰霉病等病害；中午也不宜浇水，以免高温影响根系生理机能。一般7-10天浇一次水，根据土壤墒情调整，保持土壤湿度60-80%，空气湿度45-55%。
