(一)与土壤水分供给不均有关：1.土壤墒情较差或保水性能不佳，导致土壤水分供给不均。在高温干旱条件下，番茄叶片蒸发量较大，供水失常时会使脐部组织坏死，出现脐腐。2.土壤供水不及时时，本该由根部吸收并输送到果实的水分因叶片蒸腾作用加强而转输到叶片，叶片争夺果实水分，导致脐部失水坏死。
(二)与番茄植株根系生长发育不良有关：番茄根系在偏碱土壤中生长不良，或因偏施氮肥出现徒长而土壤耕作层浅薄时，根系生长不良，侧根须根少，主根不发达，影响吸水能力。
(三)与种植者浇水技术有关：土壤干旱后，溶液浓度大时突然浇水量过大，或天气集中降雨后土壤含水量饱和，天气骤然放晴且长时间干旱，也会造成番茄脐腐。
(四)与植株缺钙有关：1.土壤本身缺钙，植株无法吸收有效钙。2.番茄植株生理机能失调，不能有效利用吸收的钙。果实膨大时需要钙元素，缺钙时果实中的钙倒流到枝条中，因果实争钙能力弱于旺长的枝条，缺钙加剧导致脐腐病发生。
