玉米丝黑穗病主要的传染途径有种子、土壤和肥料。从种子萌芽到5叶期，主要是土壤中的病菌侵染幼芽和幼根，5叶后期，则是肥料等外界因素导致发病。因此，播种时必须提前将种子进行包衣处理，选用的种衣剂必须是内吸性强，残效期较长。包衣剂及用法：用有效成分占种子量0.07%的粉锈宁拌种；50%矮健素液剂稀释至200倍浸种12小时，或再加多菌灵、甲基托布津拌种；50%多菌灵可湿性粉剂按种子量的0.3-0.7%拌种，或50%甲基托布津可湿性粉剂按种子量的0.5-0.7%拌种；也可用五氯硝基苯处理土壤，用高巧、立克莠进行拌种。
玉米丝黑穗病以农业防治为主，方法包括选用抗病优良品种、轮作、及时播种、合理密度、加强肥水合理管理、拔除病株等。为了延缓病菌抗药性，提高防效，常与吡唑醚菌酯、氟环唑、咪鲜胺、多菌灵、肟菌酯等药剂混合使用，比较优秀的配方有唑醚·戊唑醇、戊唑·咪鲜胺等，安全性好，对霉病的防效通常也更稳定，价格便宜，农民最容易接受。可在花初期开始施药，每亩每次用45%戊唑·咪鲜胺水乳剂20~30毫升，或30%唑醚·戊唑醇悬浮剂40~50毫升，连续施药两次，间隔7~10天，即可快速控制住霉病的发生和蔓延。
玉米丝黑穗病是一种以土壤传病，在苗期发病的病害。可以选用抗丝黑穗病的品种，使用药剂进行拌种，发病后及时拔除病株，并喷施萎锈灵可湿性粉剂或福美双可湿性粉剂等药剂进行防治。种衣剂是防病的关键，首选6%的戊唑醇(立克秀)悬浮种衣剂，每50kg种子用药50—100ml拌种，同时加强耕作栽培措施。
