大豆菌核病在阴雨连绵的年份、地势低洼和重茬地发生较重。此外，施氮肥过多导致大豆生长繁茂、茎秆软弱，倒伏地段和过度密植田的发病率较高。扬花期长的品种更容易感病，而宽垄种植和增加株间通风可以减轻病害。
豆株茎上形成的菌核呈圆柱形、鼠粪状或不规则形，以落在土壤里和混在种子间的菌核越冬。越冬后的菌核在适宜条件下产生子囊盘和子囊孢子，成为田间初侵染源。子囊孢子通过风、气流飞散传播，浸染大豆植株。再侵染则通过病健部接触或菌丝碎断传播，在条件适宜时，特别是高湿环境下，菌丝迅速增殖，2～3天后健株即发病。
菌核在田间土壤深度3厘米以上能正常萌发，3厘米以下不能萌发，在1～3厘米深度范围内，萌发数量随深度增加而递减。菌核从萌发到弹射子囊孢子需要较高的土壤温度和大气相对湿度，适宜的土壤持水量为27%至饱和水，过饱和会加快菌核腐烂。该病发生流行的适宜温度为15～30℃，相对湿度在85%以上。菌源数量大的连作地或栽植过密、通风透光不良的地块发病较重。
