双翅目幼虫主要取食果实内部,导致整果腐烂。幼虫寄生数量大时,果实未熟便落果、腐烂。南瓜、葫芦、黄瓜、西瓜、番茄、丝瓜等均受虫害。该虫主要以幼虫为害,成虫将产卵管刺入果皮并深入瓤部产卵,幼虫孵化后靠取食果肉发育。受害严重的果实常常被食一空,全部腐烂,失去经济价值;受害轻的,生长不良,畸形,质量和经济价值降低。南瓜实蝇寄主范围广,能为害南瓜、角瓜、黄瓜、香瓜、胡瓜、丝瓜、苦瓜、桑椹、番石榴、马来西亚苹果、木瓜、番木瓜、茄子、番茄、西瓜、冬瓜、菠萝蜜、杨桃、西番莲、辣椒、桃、佛手瓜、菜豆、芒果、人心果、罗汉果等16个科的80余种植物,对葫芦科果蔬的为害尤为严重。由于该虫具有寄主广泛,繁殖力强,适应能力极强和为害严重等特点,很多国家和地区都将其列为重点检疫对象。