由多种病原菌共同危害造成，包括细交孢菌、粉红聚端孢菌、盘端多毛孢菌、镰刀菌、头孢霉菌。病原菌在苹果树体各部位、地面、僵果上越冬，还能以孢子态在芽鳞片间越冬。这些病原菌在果园生长季节广泛存在，经气流传播，经果实萼筒至心室开口进入心室。苹果开花时，这些真菌在花器的柱头、花丝及萼片等部位定殖，随果实发育通过萼筒至心室开口进入果心，引起心室霉变或果心腐烂。
霉心病菌大多是弱寄生菌，在苹果枝干、芽体等多个部位存活，也可在树体上及土壤等处的病僵果或坏死组织上存活，病菌来源十分广泛。第二年春季开始传播侵染，病菌随着花朵开放，首先在柱头上定殖，落花后，病菌从花柱开始向萼心间组织扩展，然后进入心室，导致果实发病。病果极易脱落，有的霉心果实因外观无症状而被带人贮藏库内，遇适宜条件将继续霉烂。
霉心病菌在树体上、土壤、病果或坏组织上存活，第二年春季开始传播侵染，经空气传播，病源菌在果园里广泛存在。苹果树开花时，果园里的温度适宜给病菌传播提供了足够的条件。病菌就在花器的柱头、花丝及萼片等组织上定殖，随着果实的发育，通过果实萼筒至心室开始进入果心，到果实成熟期出现落果现象。病菌以菌丝体在病僵果、坏死组织内或芽鳞片间越冬。翌年春天产生各种类型的孢子，借风雨传播，随着花朵开放，首先在柱头上定殖；落花后，病菌从花柱开始向萼心间组织扩展，然后进入心室扩展蔓延或潜伏，随果实的发育，霉菌开始增殖，6月可见病果，但以果实生长后期居多。有些病果到贮藏期才表现症状，引起霉烂。病菌自花期开始到果实生长期都可侵染，其中以花期侵染率最高。
