小麦锈病的防治方法包括农业防治和药剂防治。农业防治措施有：因地制宜种植抗病品种，小麦收获后及时翻耕灭茬，消灭自生麦苗，减少越夏菌源，以及搞好大区抗病品种合理布局，切断菌源传播路线。药剂防治措施包括：对秋苗常年发病较重的地块，用15%粉锈宁可湿性粉剂60～100克或12.5%速保利可湿性粉剂每50公斤种子用60克拌种。大田防治在秋季和早春，田间发现病中心及时进行喷药控制，如果病叶率达到5%，严重度在10%以下，每亩用15%粉锈宁可湿性粉剂50克或20%粉锈宁乳油每亩40毫升，或25%粉锈宁可湿性粉剂每亩30克，或12.5%速保利可湿性粉剂每亩用药15～30克，对水50～70公斤喷雾。在病害流行年如果病叶率在25%以上，严重度超过10%，就要加大用药量，视病情严重程度，用以上药量的2-4倍浓度喷雾。
小麦锈病的症状与诊断主要有三种类型：小麦条锈病发病部位主要是叶片，叶鞘、茎秆和穗部也可发病，初期在病部出现褪绿斑点，以后形成鲜黄色的粉疱，即夏孢子堆；小麦叶锈病发病初期出现褪绿斑，以后出现红褐色粉疱（夏孢子堆），后期在叶背面和茎秆上长出黑色阔椭圆形至长椭圆形、埋于表皮下的冬孢子堆；小麦秆锈病为害部位以茎秆和叶鞘为主，也为害叶片和穗部，夏孢子堆较大，长椭圆形至狭长形，红褐色，不规则散生，后期病部长出黑色椭圆形至狭长形、散生、突破表皮、呈粉疱状的冬孢子堆。
为进行小麦锈病的防治，可选用抗病品种，生长中增施磷、钾肥，并注意及时排水降低湿度。同时，可以使用药剂防治，在播前使用粉锈宁进行拌种后播种，在发病初期喷施三唑酮可湿性粉剂或丙环唑、氟硅唑等进行喷施防治。在病情比较严重时，可酌情加大药量。
