以菌丝体、厚垣孢子或菌核在土壤中及病残体上越冬。尤其厚垣孢子可在土中存活5~6年或长达10年,成为主要侵染源,病菌从根部伤口侵入,后在病部产生分生孢子,借雨水或灌溉水传播蔓延,进行再侵染。高温、高湿利其发病,连作地、低洼地、粘土地或下水头发病重。黄瓜根腐病在15-30℃条件下均可发病,20-25℃发病重;土壤黏重、通透性差、植株生长衰弱易发病。如果遇到连阴天后天气突然转晴,日光温室的温度变幅较大,此时将加重黄瓜根腐病的发生。黄瓜根腐病发病初期一般在11月下旬至12月上旬,高峰期在2月下旬至3月中旬,发病可持续到4月中旬。温室使用多年,根腐病属于土传病,可以在没有寄主的情况下存活,所以种植年限越久其病原菌积累的就越多,被感染的植株数量就会越多,影响和发病面积就会越广。