高温高湿多雨、田间积水、种植过密、通风不良、光照少、轮作地块易发病。病害的发生流行与天气、土壤、耕作制度、植株生育期、品种抗性及虫草等因素密切相关。病菌通过灌溉水、农具、施肥等传播，从伤口或根冠部侵入，在维管束组织的导管中繁殖并向上扩展。病菌发育适温为27～30℃，最适pH值5.5～7.7，发病适温为20℃以上，最适宜温度为24～28℃。在适温范围内、相对湿度70%以上时，病害发展迅速。
种植密度大、通风透光不良、地下害虫和线虫多易发病。土壤黏重、偏酸、多年重茬、田间病残体多、氮肥施用过多、生长过嫩、肥力不足、耕作粗放、杂草丛生的田块，植株抗性降低，发病重。肥料未充分腐熟、有机肥带菌或使用易感病种子易发病。地势低洼积水、排水不良、土壤潮湿、高温高湿多雨条件下易发病；连阴雨过后骤然转晴，病害迅速蔓延，可能引起大面积萎蔫死亡。大棚栽培不放风排湿，湿度过大易发病。
高温多湿条件易发病，连作地、土质黏重、播种过深、土壤板结、根系发育不良、大豆孢囊线虫密度高的地块，枯萎病发生较重。病菌以菌丝体和厚垣孢子随病残体在土壤中越冬，通过伤口侵入，借助灌溉水、昆虫或雨水溅射传播蔓延。品种间抗病性存在一定差异。
