实行严格检疫：柑橘种植新区的疮痂病由苗木传带，所以对外来苗木要实行严格检疫，防止疮痂病菌传入园地。
清除侵染源：冬季结合修剪和清园，彻底剪除树上残枝，残叶，并清除园内落叶，集中烧毁，喷洒0.5波美度石硫合剂封园，减少越冬病原。
加强橘园栽培管理：合理修剪、整枝，增强通透性，降低湿度；控制肥水，增施有机肥，培育健壮树势，促使新梢抽发整齐，提高树体抵抗力，减少侵染机会。
化学防治：以防治幼果疮痂病为重点，于春梢新芽萌动至芽长2毫米前及谢花2/3时喷药，每隔7-10天防治1次，连续防治2-3次。可用0.5-1%的波尔多液；70%甲基托布津(甲基硫菌灵)800-1000倍液；50%多菌灵可湿性粉剂600-800倍液；80%大生M-45可湿粉剂500-800倍液喷雾；77%可杀得600-800倍液；10%世高水分散粒剂1500-2000倍液喷雾。因该病菌主要侵染幼嫩组织，喷药重点是保护新梢和幼果。第一次喷药于春芽开始萌动，芽长1～2毫米时开始喷40％多菌灵胶悬剂600倍液或70％甲基硫菌灵超微可湿性粉剂800倍液、75％达科宁可湿性粉剂600～800倍液、0.5：1：100倍式波尔多液、2％抗霉菌素(农抗120)水剂200倍液。保护春梢用0.5～0.8：1：100倍式波尔多液或53.8％可杀得2000干悬浮剂1000倍液，第二次于花落2/3时喷上述杀菌剂。
