大葱锈病主要发生在葱叶上,也有在叶鞘上发生。发病初期叶片上出现零星白色突起的小泡点,后发展成圆形、椭圆形或梭形小斑。单个病斑大小为(2~3)毫米×(3~5)毫米,色泽由白转黄,表皮开裂。裂开的表皮下有橙黄色粉末,这是病原的夏孢子。秋末及冬季发生的病斑,由白色转为黑褐色,表皮裂开后散出紫褐色粉末,这是病原的冬孢子。夏季发生的病斑,如叶片不枯死,植株能长到冬季,同样产生冬孢子堆,但不在原病斑的中心,而在扩大后的病斑边缘。发病后病斑处叶片表皮破裂,生长受阻。严重时葱叶上布满病斑破裂后留下的疤痕,水分大量损耗,腐生菌大量侵入,不久即枯死和腐烂。大葱锈病主要危害茎、叶以及花梗,发病时病变处出现橙黄色或黑褐色疮斑,到后期病斑处会散发出锈色粉末。主要在叶片和花梗上形成椭圆至纺锤形、隆起的小疮疱,中部呈桔色,周围为黄白色,有光泽。后期纵裂,周围表皮翻起,散出铁锈色粉末(夏孢子)。随着病害进展,与病斑相邻处出现新的长椭圆形至纺锤形斑点。斑点隆起后纵向破裂,散出紫褐色粉末(冬孢子)。重症植株的叶片和花梗,呈麦秆色干枯。