消毒剂的浓度和作用时间对杀菌效果有重要影响，每一种化学消毒剂都有特定的有效杀毒浓度，浓度过低或过高均会影响杀菌效果。例如，含氯消毒剂在一定范围内浓度越高，杀菌效果越强；而乙醇只有在70%〜75%时杀菌效果最佳。作用时间越长，微生物杀灭率越高。温度和相对湿度也会影响消毒效果，在一定范围内，消毒剂的温度越高，杀菌力越强；某些消毒剂在适宜的湿度下效果最佳。污染微生物的种类和数量也会影响消毒效果，污染越严重，消毒越困难。酸碱度同样是影响消毒效果的因素之一，某些化学消毒剂在相应的pH值范围内杀菌效果最佳。此外，某些消毒剂因含有离子表面活性物质，应避免与拮抗剂同用。有机物的存在会阻碍消毒剂的渗透作用，降低其杀菌效果。