西红柿细菌性髓部坏死病多在番茄青果期发生。发病初期植株中上部叶片失水萎蔫,部分复叶的小叶片边缘褪绿,下部病茎变硬,表面出现黑色或褐色坏死斑。茎部会长出不定根,随后在附近形成黑褐色斑块,病斑长度5-10厘米,表皮质硬。纵剖病茎可见髓部病变,呈褐色至黑褐色,病变范围超过茎外部褐变区域,髓部坏死、干缩中空,逐渐向上下延伸,当下部茎被感染时常导致全株枯死。湿度大时,从茎伤口、叶柄脱落处和不定根会溢出黄褐色菌脓,可与番茄溃疡病相区别。发病早期嫩叶褪绿,严重时植株上部褪绿和萎蔫,伴随下部茎坏死,病茎表面初生褐色至黑褐色斑,外部变硬,纵剖病茎可见髓部变黑或坏死,维管束褐变,这些病变多发生在植株外部无明显病变的区域,髓部病变处易长不定根。