伊氏锥虫属于锥虫科锥虫亚属。虫体细长，呈卷曲的柳叶状，长度一般为15～34微米，宽1.5～2.5微米，平均25微米×2微米。前端尖，后端钝，中央有一较大的椭圆形核，后端有一点状的动基体。动基体也叫运动核，由位于前的生毛体和后方的副基体组成，鞭毛由生毛体长出。鞭毛与虫体之间有薄膜相连，虫体运动时鞭毛旋转，此膜也随着波动，故称波动膜。一般以姬姆萨染色效果较好，核和动基体呈深红色，鞭毛呈红色，波动膜呈粉红色，原生质呈淡天蓝色。伊氏锥虫的繁殖在宿主体内进行，一般沿体轴做纵分裂，由1个分裂为2个。伊氏锥虫在外界环境中抵抗力很弱，在干燥、日光直射时很快死亡，消毒药液或常水能使虫体立即崩解，50℃5分钟死亡。