花椒流胶病常伴随天牛、吉丁虫而发生，高温期发病率高，能迅速引起树干基部韧皮部坏死腐烂流胶液，严重影响营养运输，导致叶片黄化乃至整个枝条或树冠枯死。花椒根腐病是花椒树的首要病害，绝不能掉以轻心。花椒叶锈病是花椒叶部的重要病害，可引起椒树叶子提前大量脱落，导致二次发叶消耗大量养分，直接影响翌年花椒的产量和品质，并对花椒树的寿命有很大威胁。花椒炭瘟病危害花椒果实、叶片及嫩梢，发病初期叶片、果实表面有数个褐色小点、呈不规则状分布。花椒溃疡病是仅次于流胶病的又一重要枝干病害，主要危害树冠下部大枝条或主干，产生大的溃疡斑。花椒树主要病虫害有：花椒叶锈病、根腐病、黑胫病（流胶病）和花天牛、潜叶跳甲、铜绿金龟子、桑白蚧、瘿蚊等。