棉花常见的病害主要有立枯病、枯萎病、黑腐病、病毒病、茎枯病和黄萎病。虫害包括棉铃虫、蚜虫、盲蝽象、红蜘蛛、甜菜夜蛾等,常年造成危害的有30余种。按棉花生育期可分为苗期和蕾铃期害虫。苗期虫害主要有地老虎、金针虫、金龟子、蝼蛄等地下害虫,以及棉蚜、棉叶螨、烟蓟马等叶片害虫,以地老虎、苗蚜危害最重。蕾铃期害虫主要有棉铃虫、红铃虫、盲椿象、棉蚜、玉米螟、美洲斑潜蝇、棉蓟马、造桥虫、金刚钻、象鼻虫、烟粉虱、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾等。近年在抗虫棉区盲椿象和棉蓟马的危害逐年加重,已上升演替为继棉铃虫后棉花蕾铃期的头等害虫。