烤烟生产上常见的病虫害有黑胫病、气候性斑点病、赤星病、普通花叶病、炭疽病、白粉病、根结线虫病、青枯病、野火病、角斑病、烟青虫、烟蚜等。当田间出现病斑时，立即施药防治，药剂选用：25%川化018可湿性粉剂亩用100克，兑水45公斤喷雾防治；或者用农用链霉素亩用2包兑水45公斤喷雾防治。
烟草黑胫病在连作的烟田、带菌的土壤中、高温多湿、排水不良的田块中发病较重，可使用75%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液，58%甲霜灵锰锌500倍、72.2%霜霉威600-900倍液等。根黑腐病的影响因素是土壤温度，初期可使用75%甲基托布津500-1000倍液，或58%钾霜灵锰锌600-1000倍液来防治。
大田期烟草病害主要有黑胫病、赤星病、青枯病、角斑病、黑腐病、野火病，普通花叶病、破烂叶斑病、黄瓜花叶病、白粉病、根结线虫病、气候斑病等。害虫主要有地老虎、金针虫、蝼蛄、蚜虫、烟青虫、斑须蝽、烟蓟马、烟草潜叶蛾、烟蛀茎蛾、蜗牛、野蛞蝓等。防治的重点是黑胫病、花叶病、蚜虫。
