实行3年轮作，从无病株上选留种子或播前用10%盐水选种，除去菌核后再用清水冲洗干净，晾干播种。适度密植，及时拔除杂草，设法降低棚内或田间湿度，发现病株及时拔除，携出田外集中烧毁。收获后及时深翻或灌水浸泡或闭棚7-10天，利用高温杀灭表层菌核。采用地膜覆盖，阻挡子囊盘出土，减轻发病。发病初期开始喷洒吡唑醚菌酯、吡唑·啶酰菌胺、戊唑醇·咪鲜胺、异菌脲、腐霉利等药液，隔8-9天1次，连续防治3-4次，最好轮换用药避免抗性发生。实行轮作或进行土壤消毒，用无病种子或药剂拌种。扣棚后喷施1000倍菌核净1次，10天后再喷1次，立春前后喷第三次，以后每7～9天喷1次。整个生长期要加强放风，降低湿度以减轻病害发生。芫荽菌核病的防治方法主要有选用抗病品种，实行合理轮作；加强田间管理，及时清除病残体以及合理施肥，适时补肥等。此外，在发病前或发病初期还可以使用化学药剂进行防治。棚室栽培，每亩用15%腐霉利烟剂或45%百菌清烟剂250克，熏1夜，每隔8～10天1次。