主要为害主蔓和侧蔓。初期，在蔓节部出现浅黄绿色油渍状斑，病部常分泌赤褐色胶状物，而后变成黑褐色块状物。后期病斑干枯、凹陷，表面呈苍白色，易碎烂，其上生出黑色小粒点，即病菌的分生孢子器。瓜蔓显症3～4天后，病斑即环茎1周，7天后产生分生孢子器，严重的14天后病株即枯死。果实染病，主要发生在靠近地面处，病斑圆形，大小1.5～2厘米，初亦呈油渍状，浅褐色略下陷，后变为苍白色，斑上生有很多小黑点，同时出现不规则圆形龟裂，湿度大时，病斑不断扩大并腐烂，菌丝深入到果肉内，果面现白色绒状菌丝层，数天后产生黑色小粒点。
此病主要危害茎蔓，也为害叶片和叶柄。叶片发病多从靠近叶柄附近或从叶缘开始侵染，形成不规则形红褐色坏死大斑，有不甚明显的轮纹，后期病斑上密生黑色小点，即病菌的分生孢子器，空气干燥时，病斑易破裂。茎蔓受害多在茎节处形成初为水渍状深绿色斑，以后变成灰白至浅红褐色不规则形坏死大斑，迅速向各方向发展造成茎折或死秧。在田间病部常产生乳白至红褐色流胶，病斑表面形成许多小黑点，即病菌的分生孢子器。叶柄染病，呈水渍状腐烂，后期亦产生许多小黑点，干缩萎垂至枯死。
甜瓜蔓枯病一般危害主蔓和侧蔓，有时也危害叶柄、叶片。叶片受害初期在叶缘出现黄褐色“V”字形病斑，具不明显轮纹，后整个叶片枯死。叶柄受害初期出现黄褐色椭圆形至条形病斑，后病部逐渐萎缩，病部以上枝叶枯死。
