辣椒的病害主要有猝倒病、疫病、炭疽病、病毒病、灰霉病、疮痂病、青枯病等;生理性病害包括日烧病、脐腐病及生理性三落病等;主要虫害有烟青虫、白粉虱、茶黄螨、茄无网蚜等。近几年的常见病害有辣椒炭疽病、疫病、根腐病、青枯病和白粉病等,主要以预防为主,一般可选用甲基托布津800倍液+代森锰锌800倍液+咪鲜胺600~800倍液,常用的药剂还有72%农用硫酸链霉素、40%甲霜灵锰锌、百菌清、阿米西达、拿敌稳、粉锈宁等,可交替复配使用。常见虫害有玉米螟、棉铃虫、甜菜夜蛾、红蜘蛛、蚜虫、白粉虱等。一般杀虫剂首选生物制剂,如防治玉米螟、棉铃虫、甜菜夜蛾等,可选用苏云金杆菌或康宽等。对红蜘蛛常用螺螨酯、1.8%阿维菌素等。防治蚜虫、白粉虱可选用噻虫嗪、吡虫啉等。在害虫发生初期及时进行用药喷洒。