菌液存放的适宜温度为4-20°C，需密封并避免阳光直射。如发现液面有少量白色漂浮物（菌膜）或底部有少量黄白色沉淀，均属正常现象，摇匀后即可使用。制作复合微生物菌肥时，应使用井水、干净的沟渠水或河水，若使用含消毒剂的自来水，需晾置24小时后再使用。微生物肥料不宜与抗菌素、化学杀菌剂同时混合使用。微生物大多为好气性，施用菌肥需配合改良土壤和合理耕作，保持土壤疏松、通气良好。菌肥在酸性土壤中直接施用效果较差，需配合施用石灰、草木灰等以增强微生物活动。同时，需保持适量水分，但水分过多会导致通气不良，因此需及时排灌以维持土壤中适宜的水分。