棉苗疫病危害棉苗子叶、真叶、幼根、幼茎。幼根和茎感病后，初呈红黄色条斑，病斑发展围绕茎基和根部，幼苗干萎枯死，症状与红腐病初相似，但中后期病部颜色较淡。真叶受害时，初为暗绿色水渍状小斑，后逐渐扩大成墨绿色不规则形水浸状病斑，遇低温高湿时病斑扩展到必叶，生长点变黑，棉苗枯死。天气晴朗，温度升高，叶部病斑周围呈暗绿色，中央灰褐色，最后形成不规则形枯斑，子叶脱落。
棉花疫病的症状：苗期发病。棍部及茎基部初呈红褐色条纹状，后病斑绕茎一周。弓及茎基部坏死，引起幼苗枯死子叶及幼域真叶受害，病斑多从叶缘开始发生，初呈暗绿色水渍状小斑，后逐渐扩大成墨绿色不规则水渍状病斑。在低温高湿条件下迅速扩展，可蔓延至顶芽及幼嫩心叶，变黑枯死；在天晴干燥时，叶部病斑呈畏水褪绿状，中央灰褐色，后成不规则形枯斑，叶部发病，子叶易脱落。
为害棉铃，多发生于中下部果枝的棉铃上。多从棉铃苞叶下的铃面、铃缝及铃尖等部位开始发生，初生淡褐、淡青至青黑色水渍状病斑，不软腐，后期整个棉铃变为有光亮的青绿至黑褐色病铃，多雨潮湿时，棉铃表面可见一层稀薄白色霜霉状物。
棉花疫病多危害棉株下部大铃。铃面出现淡褐色、青褐色、青黑色湿浸状病斑。病斑护展很快。当整个棉铃变为青亮墨绿时，铃面见不到任何菌丝。
