晚疫病又被称之为“番茄疫病”，是大棚番茄种植过程中发生最为普遍、危害较高的病害。西红柿上主要病害有早疫病、晚疫病、灰霉病、叶霉病、病毒病等，主要虫害有白粉虱、蚜虫等。可以在播种期、生长期分段进行防治。加强大棚番茄管理，逐步提升番茄的抗病性。
浇水应当选择晴天进行，且不可大水漫灌，灌水之后做好放风排湿工作。及时整枝打叉，将植株下部的一些老叶及时摘除，有利于改善通风透光条件。在保证湿度的基础上，适当增加放风量。
在西红柿的种植中，应选用抗病品种，将种子进行消毒处理，可提高植株抗病能力，并根据病情选择达科宁、杜邦克鲁、百菌清等农药进行防治。生态防治：以增温、排湿为目标，加强通风管理。具体做法是：晴天上午先闭棚升温，当温度达28-30摄氏度时持续1小时后开始放顶风；中午继续放风，温度保持在20-25摄氏度；下午温度到18-20摄氏度时关闭通风口；夜温保持在14-16摄氏度，相对湿度保持在70%-80%。阴天也要在中午短时通风换气。
西红柿常见的病害有病毒病、青枯病、早疫病、晚疫病、灰霉病、叶霉病、叶斑病、根结线虫病等；常见的虫害有白粉虱、棉铃虫、美国斑潜蝇、蚜虫等。番茄常见虫害有棉铃虫、蚜虫、白粉虱。棉铃虫可选用30%的触倒乳油、15%阿维毒乳油1000-1500倍液进行防治；蚜虫、白粉虱可用4%剑诛乳油1000-1500倍液或2.5%中保蚜无踪乳油1000-1500倍液进行防治。
