危害棉花苗期的主要虫害有地老虎、金针虫、金龟子(蛴螬)、蝼蛄等地下害虫以及棉蚜、棉叶螨、烟蓟马、棉盲蝽等危害叶片的害虫,以苗蚜危害最重。苗蚜一般在4月下旬至5月上旬棉苗出土时从越冬寄主大量迁移到棉苗上,以5月中旬至6月中上旬发生最重,一年可繁殖2030代,常造成棉苗形成“龙头”和卷缩。蕾铃期主要害虫有棉铃虫、红铃虫、棉盲蝽、棉蚜、玉米媒、美洲斑潜蝇、棉萷马、造桥虫、金刚钻、象鼻虫、烟粉虱、棉蓟马、甜菜夜蛾、斜纹夜蛾等。随着抗虫棉的推广和应用,棉盲蝽逐步演替为棉花蕾铃期的主要害虫。棉盲蝽一般在6月中旬至7月上旬虫口密度最高,以成、若虫刺吸棉株幼嫩组织和繁殖器官造成“破叶疯”,严重影响棉花开花结铃。黄萎病因发生迅速、损失严重、防治困难等特点,被称为棉花“癌症”。防治该病应以加强田间管理为主,通过选用抗耐病品种、施足底肥、早揭膜、早炼苗、早培管等措施提高棉苗抗病能力,同时做好预防性用药,及时控制病情,特别是雨后要立即用药,防止病情扩展。