水稻恶苗病最主要的初侵染源是带菌种子,其次是病稻草。越冬后使用带菌的种子或稻草,种子萌发后,病菌从秧苗的芽鞘、根和根冠或伤口侵入,植株伤口有利于病菌侵入,引起秧苗发病徒长;带病秧苗移栽后,引起稻苗发病。病株产生的分生孢子借助气流进行再次侵染,使谷粒和稻草带病菌,形成循环侵染。浸种时带菌种子上的分生孢子污染无病种子而传染,严重时引起苗枯,死苗上产生的分生孢子传播到健苗,引起再侵染。带菌稻秧定植后,菌丝体遇适宜条件扩展到整株,刺激茎叶徒长。花期病菌传播到花器上,侵入颖片和胚乳内,造成秕谷或畸形,在颖片合缝处产生淡红色粉霉。病菌侵入晚,谷粒虽不显症状,但菌丝已侵入内部使种子带菌。脱粒时与病种子混收,也会使健种子带菌。叶片叶鞘细长,叶色淡黄,根系发育不良,部分病苗在移栽前死亡。在枯死苗上有淡红或白色霉粉状物,即病原菌的分生孢子。湿度大时,枯死病株表面长满淡褐色或白色粉霉状物,后期生黑色小点即病菌囊壳。