番茄猝倒病的主要发病原因是低温高湿、光照不足、播种过密、氮肥施用过多以及苗床土带菌。番茄苗期猝倒病分为出苗期猝倒、烂种、苗后猝倒。苗后侵染主要发生在小苗生长前期，危害根部和土面上幼苗茎基部，呈现水渍状变褐，茎基部缢缩呈线状，幼苗倒伏，发病速度快，成片死亡。防治可用喷淋恶甲水剂、精甲霜灵锰锌、普力克。
番茄沤根主要发生在苗期，地温长时间低于12度、光照弱、浇水过大都会造成。植株不生新根，根系表皮变为锈褐色，容易剥离，严重者腐烂，导致萎蔫或死棵。地上部叶片发黄，叶缘枯焦，生长缓慢。防治方法包括苗期控量浇水，适时喷淋生根剂促进根系发育；叶面喷施甲壳素、芸薹素等调理剂增强植株抗性。
