草甘膦除草剂对果树药害的外部症状通常不明显，不易被发现。然而，只要果树吸收一定量的草甘膦并传到根系中，就会加速根系老化，抑制新根的发生和生长，从而大大降低果树对营养物质的吸收能力，导致叶片和果实的生长受到抑制。即使当年进行浇水或追肥，也难以改变这一现状。如果果园连续多年使用草甘膦除草剂，可能会出现某一棵树或树的局部长出又小又狭窄的畸形小叶片，此时需谨慎使用。
草甘膦对果树的药害可分为直接药害和间接药害。直接药害是指草甘膦喷洒到叶片上，造成叶片卷曲发黄，甚至导致果树死亡，这种情况通常是由于施药时风力较大或未采取防范措施所致。间接药害则是指少量残留的草甘膦对果树根系或植株的伤害。此外，草甘膦会与土壤中的铁、锌等微量元素发生螯合反应，长期施用会导致这些微量元素被固定，破坏土壤中矿质营养的平衡。
