水稻根结线虫病主要危害根尖，导致其扭曲变粗并膨大形成根瘤。根瘤初期呈卵圆形、白色，随后发展为长椭圆形，两端稍尖，颜色由棕黄渐变为棕褐以至黑色，大小约3×7(mm)，逐渐变软、腐烂，外皮易破裂。幼苗期，当1/3根系出现根瘤时，植株瘦弱，叶色淡，返青迟缓。分蘖期根瘤数量大增，病株矮小，叶片发黄，茎秆细，根系短，长势弱。抽穗期表现为病株矮，穗短而少，常半包穗或穗节包叶，能抽穗的结实率低，秕谷多。
防治方法包括使用10%克线磷颗粒剂每667m²施3kg，或5%呋喃丹颗粒剂1-2kg，或92%巴丹药液6000-8000倍浸种48小时。线虫可通过水流、肥料、农具及农事活动传播，且只侵染新根。酸性土壤和沙质土壤发病较重，增施有机肥的肥沃土壤也易发病。连作水稻发病重，水旱轮作病轻；水田发病重，旱地病轻；冬季浸水病重，翻耕晾晒田病轻。旱田铲秧比拔秧病轻。病田增施石灰可明显减少发病。
