病菌以菌丝体、菌核和厚垣孢子在土壤、病残体和种子上越冬,成为来年的初侵染源。病菌在土壤中可存活5-6年或更长时间,随种子、土壤、肥料、灌溉水、昆虫、农具等传播,通过根部伤口和根毛顶部黄瓜枯萎病细胞间隙侵入,在维管束内繁殖并向上扩展,堵塞导管,产生毒素使细胞致死,植株萎蔫枯死。土壤中病原菌量的多少是当年发病程度的决定因素之一,重茬次数越多病害越重。土壤高湿是发病的重要因素,根部积水促使病害发生蔓延。高温是病害发生的有利条件,地下害虫、根结线虫多的地块病害发生重。降水多、湿度大,发病也越严重。土壤、肥粪、种子带菌是发病的重要条件。病菌从根部伤口、自然裂口或根毛细胞侵入,也可从茎基部的裂口进入维管束,发育堵塞导管,造成叶片萎蔫。该病是一种土传病害,病菌喜温暖潮湿的环境,发育适温为24~28℃,土壤含水量在20%~40%;发病潜育期10~25天。最适病菌生长的温度范围是24~28℃,最高34℃、最低4℃。土壤含水量大、空气相对湿度高,发病最快,空气相对湿度90%以上易发病。秧苗老化,连作地,有机肥不腐熟,土壤过分干旱或排水不良,土壤偏酸,是发病的主要条件。